分居协议书可以进行公证的。根据相关法律规定，合同、继承、委托等事项，可以依法办理公证手续，且经公证的协议，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。
一、公证后没履行公证义务怎么办
一切公证行为都产生证据上的效力。
①任何法律行为和有法律意义的文书、事实经过公证证明，国家证明它的真实性、合法性，即产生法律上的证据效力。人民审理案件中，如果在收集、调查证据时涉及某项文书，而这项文书业经公证证明，即应确认其效力，可以直接采证。但有相反证据足以推翻公证证明的除外。
②依照法律必须公证证明的法律行为，则公证证明就成为这些法律行为生效的必要条件。法律对于不同的法律行为有不同的形式要求，包括口头、书面及公证证明，取决于该法律行为所产生（或变更、消灭）的法律关系的重要性、复杂性和它对于第三者的作用。虽未为法律规定而当事人自行协议公证证明作为双方法律行为必要的形式条件之一的，这一法律行为也必须公证证明方能成立。
③债权文书，如债权人和债务人对权利义务关系没有争议、并经公证证明具有强制执行效力的，当债务人拒不履行时，债权人可以直接申请人民强制执行，不需要向人民起诉要求作出裁判
二、婚前需要做财产公证吗
婚前财产不是必须需要去公证的。换句话来说，也就是我国的法律并没有强制当事人进行婚前财产公证，是否公证仅只是需要依据当事人的主观意愿确认。且即使没有经过公证，也并不会影响婚前财产的效力。只是经公证的婚前财产，可以作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。
三、婚前财产的公证婚后可以吗
婚前财产的公证手续可以由当事人在婚后办理。法律规定，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。所以，婚前财产公证后，就可以作为认定事实的有力依据。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国公证法》第十一条
根据自然人、法人或者其他组织的申请，公证机构办理下列公证事项：
（一）合同；
（二）继承；
（三）委托、声明、赠与、遗嘱；
（四）财产分割；
（五）招标投标、拍卖；
（六）婚姻状况、亲属关系、收养关系；
（七）出生、生存、死亡、身份、经历、学历、学位、职务、职称、有无违法犯罪记录；
（八）公司章程；
（九）保全证据；
（十）文书上的签名、印鉴、日期，文书的副本、影印本与原本相符；
（十一）自然人、法人或者其他组织自愿申请办理的其他公证事项。
第三十六条
经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。