灵活就业医保卡可以在药店买药。医保卡是用于参保人报销医疗费用、购买药品费用的，持卡人携带医保卡前往定点药店，选择合适的药品，然后使用医保卡刷卡付款即可报销。如可以直接刷卡买感冒药、维生素、跌打损伤这类非处方药。不过，如果是买乙肝、冠心病这种疾病类型的药，会影响到商业保险理赔和核保。
医保卡的报销流程：
1、办理人提交报销单据等材料到社保机构受理；
2、受理部门自收到申请材料，进行审核，结算，支付工作；
3、社保机构批准申请的，申请人领取社会医疗保险医疗费报销单后，予以报销。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。