夫妻在婚姻存续期间抚养权的协议有效。只要夫妻双方对抚养权协议不存在异议、能够就协议内容达成一致，协议内容符合效力性强制性规定，且夫妻都是完全民事行为能力人，那么基于意思自治的原则，其婚姻存续期间抚养权的协议有效。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第二十六条
父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务。成年子女对父母负有赡养、扶助和保护的义务。
《最高人民关于适用婚姻家庭编的解释（一）》第五十
具有下列情形之一，子女要求有负担能力的父或者母增加抚养费的，人民应予支持：
（一）原定抚养费数额不足以维持当地实际生活水平；
（二）因子女患病、上学，实际需要已超过原定数额；
（三）有其他正当理由应当增加。