公司需要办理变更和新设登记的股权转让时自有房产需要缴纳契税，企业土地、房屋未发生权属转移的不需要缴纳契税，实行申报管理制度的契税纳税人应在土地、房屋权属转移合同生效的10日内向征收机关提出减免申报。
【法律依据】
《契税法》第六条
有下列情形之一的，免征契税：
（一）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、军事设施；
（二）非营利性的学校、医疗机构、社会福利机构承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、养老、救助；
（三）承受荒山、荒地、荒滩土地使用权用于农、林、牧、渔业生产；
（四）婚姻关系存续期间夫妻之间变更土地、房屋权属；
（五）法定继承人通过继承承受土地、房屋权属；
（六）依照法律规定应当予以免税的外国驻华使馆、领事馆和国际组织驻华代表机构承受土地、房屋权属。