工程合同纠纷的解决方式：
1、合同双方自行和解。需要注意，可和解的合同必须符合法律规定。
2、第三方介入调解。需要注意，民间第三方制作的调解书不具有强制力。
3、申请仲裁。需要注意，仲裁的前提条件是必须要有仲裁条款或仲裁协议。
4、起诉。当纠纷无法调解且没有约定仲裁时，可以通过诉讼解决纠纷。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第十条
处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。
《民事诉讼法》第五十条
双方当事人可以自行和解。
第九十三条
人民审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。
第二百七十一条
涉外经济贸易、运输和海事中发生的纠纷，当事人在合同中订有仲裁条款或者事后达成书面仲裁协议，提交中华人民共和国涉外仲裁机构或者其他仲裁机构仲裁的，当事人不得向人民起诉。
当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的，可以向人民起诉。