法律分析：根据我国《劳动保障法》和《工伤保险条例》的规定，员工在工作中因争议问题而导致的工伤，应由单位赔偿。具体赔偿标准应根据工伤程度、医疗费用、休工期间的工资和生活费用等因素综合考虑。
法律依据：
1. 《劳动保障法》第四十，“用人单位应当采取必要的措施保障劳动者的劳动安全，防止劳动事故的发生。”
2. 《工伤保险条例》第十四条，“因工作原因受到事故伤害或者患职业病的，按照本条例的规定享受工伤保险待遇。”
3. 《工伤保险条例》第十五条，“单位或者个人应当报告工伤事故或者职业病病例，接受监督和检查。未按照规定报告、隐瞒或者虚报工伤事故或者职业病病例的，由有关部门责令改正，处以罚款。”
总结：对于员工在工作中因争议问题导致的工伤，用人单位应当承担责任并按照相关规定进行赔偿。同时，劳动者也应当及时报告工伤事故，并且积极配合相关部门进行调查和核实。