公司变更法人税务上处理的办法：纳税人应当持公司变更法人的有关证明文件、税务机关发放的原税务登记证件等材料，自税务登记内容实际发生变化之日起30日内，或者自有关机关批准或者宣布变更之日起30日内，办理变更税务登记。
纳税人已在工商行政管理机关办理变更登记的，应当自工商行政管理机关变更登记之日起30日内，向原税务登记机关如实提供下列证件、资料，申报办理变更税务登记：
(一)工商登记变更表及工商营业执照;
(二)纳税人变更登记内容的有关证明文件;
(三)税务机关发放的原税务登记证件(登记证正、副本和登记表等);
(四)其他有关资料。
变更流程如下：
1、带齐资料到公司注册地所管辖的工商部门办理执照变更，受理后5-10个工作日后领取新法人代表的营业执照
2、带齐资料到质量监督管理局办理企业组织机构代码证变更，受理后2-3个工作日后领取
3、到税务部门办理变更登记证，这里涉及到一个股权转让的个人所得税的问题，需要向地税部门申报和缴纳所得到股权的股东的个人所得税，还有必须出具新股东和法人的新验资报告。
4、最后变更公司基本户，变更公司法人的预留在银行的印鉴和公司资料。
法律依据
《税务登记管理办法》
第十 纳税人按照规定不需要在工商行政管理机关办理变更登记，或者其变更登记的内容与工商登记内容无关的，应当自税务登记内容实际发生变化之日起30日内，或者自有关机关批准或者宣布变更之日起30日内，持下列证件到原税务登记机关申报办理变更税务登记：
（一）纳税人变更登记内容的有关证明文件；
（二）税务机关发放的原税务登记证件（登记证正、副本和税务登记表等）；
（三）其他有关资料。