食品经营许可证的申请流程如下：
1、首先填写好食品经营许可证的申请表。
2、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定食品安全管理制度。
3、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实自己所使用的水是正规自来水公司提供的。
4、到当地市场监督管理局提交如下资料：
(1)《食品流通许可申请书》;
(2)《名称预先核准通知书》复印件;
(3)与食品经营相适应的经营场所的使用证明;
(4)负责人及食品安全管理人员的身份证明;
(5)与食品经营相适应的经营设备、工具清单;
(6)与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件;
(7)食品安全管理制度文本;
(8)省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。
5、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。
6、检查通过后，在一定时间内通知申请人来领取食品经营许可证。
法律依据：
《食品经营许可管理办法》 第十二条 申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
(一)食品经营许可申请书;
(二)营业执照或者其他主体资格证明文件复印件;
(三)与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件;
(四)食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
（五）利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。
（六）申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。