从工资扣工会费，不合法。员工的工资只能扣除社会保险或者税费，不能扣除工会的会费。法律规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》 第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动法》 第五十一条
劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
《中华人民共和国劳动法》 第四十
国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市规定，报备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。