合并公司会有如下风险：
（一）合并公司方案实施前，并购约定不明、约定内容及形式违法等方面造成的风险；
（二）合并公司方案实施中，具体的实操与理论冲突而产生的风险，例如，不符合合并条件，导致无法办理变更登记；
（三）合并公司的其他风险。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
第一百七十四条
公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
第一百七十九条
公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记；公司解散的，应当依法办理公司注销登记；设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。