小产权商铺使用权转让合同只要是基于双方真实意思表示，内容没有违反法律的强制性规定，即是有效的。但是，如果出现合同无效的情形的，该小产权商铺使用权转让合同无效。
法律依据：《民法典》第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百四十六条 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
第一百四十七条 基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民或者仲裁机构予以撤销。
第一百四十 一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民或者仲裁机构予以撤销。
《中华人民共和国土地管理法》第九条 城市市区的土地属于国家所有。
第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级在充分尊重农村村愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡(镇)审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。
农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。