农村土地承包经营形式法律地位的确立并不意味着法律制度本身的完善。由于我国有关农村土地承包经营方面具体法律制度的缺失，农民在土地承包经营过程中的利益得不到有效的保护：作为强势主体的发包方往往仅凭自己的意志随意撕毁合同，使得农民本该获得的收益得不到充分实现;承包期限约定过短则使农民不愿进行长期的投入，导致土地经营过程中普遍存在着图一时之利的短期行为。凡此种种，极大地损害了作为民事主体的农民应有的权利，直接影响着农村经济效率的提高。尤其是随着我国市场经济的不断深入发展，这一问题更为突出。
一、土地确权作用
首先是有利于强化物权保障。土地是农业最基本的生产资料，一经确权，农民就是土地承包经营权的物权权利人，有利于依法保障农民的土地承包权益。
其次，有利于强化承包农户的市场主体地位和家庭承包经营的基础地位，为巩固农村基本经营制度提供强有力的制度保障。经过确权颁证之后，土地既是资源，又是资产，农民就等于握住了自己的土地使用权，无论谁想再动农村的承包地，都必须经过本户同意。如果农民外出打工，还可依法把承包地进行流转，交给家庭农场、农民合作社等来经营，换取实物或租金。这样一来，农民的财产性收入就会增加。再次，农民可用自己的权证进行抵押贷款。当前，因部分农民无法提供担保、没有足够的抵押物，贷款难问题较突出。而确权登记颁证以后，随着相关的陆续出台，农民就可用自己的权证进行抵押贷款。
最后，有利于明确土地承包经营权归属，为解决土地承包经营纠纷、维护农民土地承包的各项合法权益提供强有力的原始依据。如果耕地面积四至不清、面积不明承包地流转就潜藏较大风险，不仅农户不能放心流转土地，土地规模经营主体也难以安心经营，必然制约现代农业发展。
二、土地流转应注意的问题
1、农民利益问题。一是不能违背农民的意愿强迫流转，流转的条件、方式、价格等应由农户自主决定；二是土地流转后农户的既得利益要不低于或高于土地流转前，否则流转将很难实行。
2、流转主体问题。一是采取转包及互换方式的，不得向本集体经济组织以外的农户进行流转；二是采取转让方式流转的，可以向集体经济组织以外的农户、单位和个人流转，但由于这种流转方式使得流转方在承包期内失去了土地承包经营权，应当坚持“稳妥、慎重、本集体经济组织成员优先”的原则。
3、流转年限问题。除“四荒地”(荒山、荒沟、荒丘、荒滩)外，农民的土地承包经营权流转合同签订的时间不宜过长，到期后，根据实际情况再进行续签。
4、流转土地的用途问题。必须严格遵守《农村土地承包法》和《农村土地承包经营流转管理办法》的有关规定，不得以调整产业结构、发展农村经济等理由擅自改变原有耕地的农业用途。
5、流转合同签订问题。流转合同必须使用统一制订的合同文本。签定合同时应当由承包方或其书面委托的代理人签定；流转合同中要注明流转土地的边界、座落、面积、质量等级和流转土地的用途等内容。
6、流转土地的界限问题。乡(镇)农经部门要在流转土地丈量划分上严格把关，明确土地界址，确保流转土地面积与流转合同面积相符，不留隐患。