债权转让合同纠纷的处理方式有两种：协商处理和到起诉只要双方能就纠纷达成一致，就可以协商处理，否则就只能到起诉处理。《合同法》第八十条规定，债权人转让权利的，应当通知债务人。未经通知，该转让对债务人不发生效力。债权人转让权利的通知不得撤销，但经受让人同意的除外。