法律分析：
工厂遭遇自然灾害（淹没），属于不可抗力，是不会赔偿的，如果购买了相应的保险，那么保险会赔。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千一百七十九条 侵害他人造成人身损害的，应当赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。