法律分析：工厂被水淹没是由于自然原因，则属于不可抗力，是不会补偿的；若是因为排水系统不完善，则会补偿。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百八十条 因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。法律另有规定的，依照其规定。不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况。