在贷款结清两年后可以分离。如果在婚姻存续期间夫妻二人为公积金贷款的共同还款人，离异后需此笔贷款结清两年后方可申请公积金贷款。配偶在婚姻存续期间为此笔公积金贷款的共同还款人，如该笔贷款尚未结清，无法解除共同借款人关系。离婚后住房公积金贷款夫妻平等分割。婚后的工资福利属于夫妻共同财产，不管哪一方用公积金买房都属于夫妻共同财产支出，离婚时按夫妻共有财产进行均等分配。如果离婚后公积金贷款没还完，除非提前将银行贷款还清，因为在贷款的时候，房产证一直在银行做抵押，这时候是不能办理产权的任何手续的。