公司犯罪员工的处理方式若是员工明知且犯罪活动的，则员工也构成犯罪。如果员工受单位领导指派或奉命而参与实施了一定犯罪行为的，一般不宜作为直接责任人员追究刑事责任。
《中华人民共和国刑法》第三十一条 单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。 《中华人民共和国刑法》第三十条 公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。