法律分析：员工在公司内工作时，如遇公司被行政处罚的情况，应当依据相关法律法规及劳动合同、公司规章制度等文件加以处理。具体操作包括但不限于：积极配合公司进行调查，如实提供相关信息和证据；根据公司规定，参与行政处罚的申诉和上诉程序；维护自身权益，如存在公司未按合同约定支付工资待遇等情况，可通过法律途径维权。
法律依据：
1.《劳动合同法》第四十四条 劳动者应当遵守国家法律、法规和工作规章制度，全面履行劳动合同约定的义务。
2.《中华人民共和国行政处罚法》第三条 行政处罚是国家机关为了执行法律、法规规定，对违反法律、法规的行为单位或者个人实施的强制措施。
3.《中华人民共和国劳动法》第二十二条 劳动者有权依照国家规定参加社会保险。用人单位必须依法缴纳社会保险费用。
4.《中华人民共和国劳动合同法》第五十二条 用人单位未按照劳动合同的约定支付劳动者劳动报酬的，应当支付劳动者经济补偿，并依照国家规定支付赔偿金。
5.《中华人民共和国劳动合同法》第五十六条 劳动者认为用人单位违反本法规定和劳动合同的约定，侵犯了自己的合法权益，可以依法申请仲裁或者向人民提起诉讼。