一、房屋已经不存在是否能确权
1、房屋已经不存在不能确权。
2、对于已经被拆迁部门拆除的房屋向起诉确权，因涉诉房屋已经被拆除，已经丧失确权基础，很难得到的支持。
3、法律依据：
（1）《中华人民共和国民法典》第二百三十一条因合法建造、拆除房屋等事实行为设立或者消灭物权的，自事实行为成就时发生效力。
（2）《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十六条：“房屋征收范围确定后，不得在房屋征收范围内实施新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等不当增加补偿费用的行为;违反规定实施的，不予补偿。房屋征收部门应当将前款所列事项书面通知有关部门暂停办理相关手续。暂停办理相关手续的书面通知应当载明暂停期限。暂停期限最长不得超过1年。”
二、对农村房屋确权有争议怎么办
1、对农村房屋确权有争议的，由当事人协商解决。
2、协商不成的，由处理。
3、对处理结果有异议的。可以向起诉。
4、法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由处理。
单位之间的争议，由县级以上处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。
当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。