两家公司出的谅解书内容一样有效吗

有效。谅解协议书只要内容合法，真实意思表示就有效。谅解书的目的和作用是在审理刑事案件时，可以（而不是必须）做从轻考虑，但是无论如何都没有免除刑罚的效果。