1、租售不同，经济适用房只售不租，而商品房不受。
2、购买条件和对象不同，经济适用房享受优惠，其购买对象是特定的，只供给城镇中低收入家庭，因而要实行申请审批制度，商品房购买对象和条件则不受。
3、购买经济适用住房可提取个人住房公积金和优先办理住房公积金贷款。
4、经济适用住房购房人拥有有限产权。购买经济适用住房不满5年，不得直接上市交易，个人购买的经济适用住房在取得完全产权以前，不得用于出租经营。
购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向交纳土地收益等相关价款，具体交纳比例由市、县确定，可优先回购;购房人也可以按照所定的标准向交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。
1、建设目的不同。
经济适用房的建设具有保障性质，建设目的是为了解决城市低收入住房困难家庭的住房问题，而一般的商品住房建设不以保障为目的。
2、土地性质不同。
由于能够享受优惠，经济适用房所占用的建设用地是行政划拨用地，而一般商品住房的建设用地是出让土地，不但要通过公开招拍的程序，而且要按拍卖成交价向缴纳土地出让金。
3、享受的优惠不同。
经济适用房除了土地享受划拨土地优惠外，在很多方面都能享受到的优惠。而一般的商品住房建设基本没有优惠。
4、定价区别。
基于经济适用房的建设目的、土地性质及所享有的优惠，其价格是由限定的。而一般的商品住房价格受市场波动，由开发商自行决定，在通常情况下不干预。
5、购房资格区别。
一般的商品住房面向公众销售，购房者可根据自己的能力自主购买。但是，申请购买经济适用房有严格的标准，也有严格的审查程序。申请人的住房面积、可支配收入、是否发生过住房交易等均会影响到购买人的申请资格。
6、产权区别。
经济适用房的产权是受到一定的，比如其转让需要满一定的年限。而一般的商品住房没有上述。
经济适用房作为受到扶持的住房，与普通的商品房是有区别的，它既具有价格适中、兼具经济性和实用性等优点，又在购买条件、产权和用途、上市交易等方面存在一定的，想要申请购买经适房的家庭应该事先了解清楚经适房的特殊之处。